本来のシメジは、山地で天然採取されるホンシメジのことで、近年ようやく人工栽培が始まった。

ホンシメジは美味であるために、類似したキノコには、「シメジ」の名がつけられることが多い。
かつては、「シメジ」が栽培のヒラタケを指す時代もあった。
しかし今日では、ブナシメジの生産が著しく増大したため、一般に「シメジ」といえばブナシメジを指している。

ブナシメジはキシメジ科シロタモギタケ属のキノコで、日本全土と北アメリカに分布する。傘の色は通常灰褐色で、傘の中央または全体に濃色の大理石模様がある。なお2002年には純白のホクト白1号（ブナピー）が開発されている。